Publizierte Studien mit falsch zugeordneten Zelllinien sind eine der Ursachen für nicht reproduzierbare wissenschaftlichen Daten. Aus diesem Grund u.a. hat das NIH Empfehlungen ausgesprochen, welche dazu beitragen sollen, diese Situation zu verbessern (www.nih.gov/research-training/rigor-reproducibility/principles-guidelines-reporting-preclinical-research). Dazu gehört auch die Authentifizierung von Zelllinien, d.h. die Bestätigung der Nutzung der richtigen Zelllinie mittels Genotypisierung sowie der Nachweis des Nichtvorhandenseins von Kontaminationen, z.B. mit Mycoplasmen oder anderen (z.B. humanen) Zelllinien.

Im Grunde genommen hat sich eine Methode durchgesetzt, die Genotypisierung mittels STR-Marker (Mikrosatelliten). Für humane Zelllinien werden die identischen STR-Kits eingesetzt, wie in der Forensik. Diese haben sich sehr gut bewährt. Folglich gibt es die Bestrebung, diese Art der Genotypisierung auch bei anderen Zelllinien einzusetzen. Es sind aber auch weitere Methoden verfügbar, wie Karyotypisierung, Sequenzierung des Gesamtgenoms, spezifische Sonden, CO1-Barcoding oder SNP-Genotypisierung.

Wir verfügen über STR-Sets zur Genotypisierung von Zelllinien der Maus, der Ratte sowie humanen Ursprungs.

Stellen Sie sich vor, in 10 verschiedenen Labors werden Zelllinien erzeugt, jede davon aus einem anderen Gewebe, alle jedoch aus dem identischen kommerziellen Inzuchtstamm der Maus, z.B. C57BL/6J. Obwohl es sich um unterschiedliche Zelllinien handelt, kann zwischen ihnen mit der herkömmlichen Art der Genotypisierung/Authentifizierung nicht unterschieden werden. Das ist ein Mangel der aktuell beschriebenen STR-Sets.

Das STR-Genotypisierungs-Set der GVG ist in der Lage, auch Nachkommen eines Elternpaares eines Inzuchtstammes voneinander zu unterscheiden, also auch zwischen Individuen von C57BL/6J. Genau das wird für die Authentifizierung genutzt, um individuelle STR-Profile zu erhalten. Aus dem Marker-Set wurde pro Chromosom der jeweils bestgeeignetste STR-Marker identifiziert und diese zu einem Authentifizierungs-Multiplex für Zelllinien zusammengefasst. Somit besteht eine hohe Wahrscheinlichkeit, dass Ihre neu erzeugte Zelllinie einen einzigartigen, spezifischen genetischen Fingerabdruck aufweisen wird.

Als Maßnahme zur Qualitätssicherung bei Zelllinien der Maus werden Marker getestet, die spezifisch für definierte Inzuchtstämme der Maus sind. Dazu gehören Indels (Insertions-Deletions-Polymorphismen) als auch STR-Marker, welche Stamm-spezifische Allele besitzen. Ebenso wird das Geschlecht bestimmt. Damit wird überprüft, ob tatsächlich der benannte Inzuchtstamm der Maus vorliegt. Zusätzlich erfolgt noch eine Überprüfung der Zelllinie auf mögliche Kontaminationen, z.B. mit Mycoplasmen oder artfremden Zelllinien (z.B. humane Zelllinien).

Das STR-Set zur Authentifizierung von Zelllinien der Maus bietet auch die Möglichkeit für ein genetisches Monitoring der Veränderungen der Zelllinie in Abhängigkeit von der Anzahl der durchgeführten Passagen. So lassen sich Neumutationen nachweisen, welche auf eine stattgefundene Gendrift hinweisen (siehe auch Frage: Wieso mehr als 2 Allele pro Marker).

Zelllinien weisen höhere Mutationsraten auf, als beispielsweise lebende Tiere. Das spiegelt sich auch bei den STR-Markern wider, wo aus ursprünglich 1 oder 2 Allelen durch Neumutation bei einer Subpopulation der Zellen neue Allele entstehen können. Diese sind dann ebenfalls nachweisbar. Generell kann eingeschätzt werden, dass je mehr Passagen bei einer Zelllinie durchgeführt wurden, desto häufiger sind Konstellationen mit 3 oder mehr Allelen nachweisbar.

Wird ein und dieselbe Zelllinie räumlich getrennt in unterschiedlichen Laboren weiter gezüchtet, finden solche Veränderungen nicht bei den gleichen STR-Markern statt und die genetischen Profile der Zelllinie zwischen den beiden Laboren werden sich mit der Zeit geringfügig voneinander unterscheiden. Das wäre ein Hinweis auf eine bereits stattgefundene Gendrift.

Die Bearbeitungsdauer beträgt 10 Arbeitstage nach Probeneingang. In der Regel wird das Ergebnis aber schon wesentlich früher mitgeteilt.

Der Report enthält die Angaben zur Identität des Inzuchtstammes, zum Geschlecht des Tieres, von welchem die Zelllinie erzeugt wurde, sowie den spezifischen genetischen Fingerabdruck, basierend auf den Ergebnissen der STR-Genotypisierung.

Grundsätzlich kann ein tiefgefrorenes Pellet der Zelllinie eingereicht werden. Fertig extrahierte DNA aus kommerziellen Extraktionskits (keine "quick-and-dirty"-Extraktionen) funktioniert ebenso gut. In diesem Fall schicken Sie uns bitte die Hälfte des Extrakts und behalten die andere Hälfte als Rückstellprobe.

Bitte versenden Sie die Proben stets gekühlt, entweder auf Eis oder idealerweise auf Trockeneis, vorzugsweise zu Beginn der Woche, damit die Proben nicht über das Wochenende verloren gehen.

Unser Probenbegleitschein sollte zur sicheren Zuordnung und zur eindeutigen Benennung von Proben (im Befund) verwendet werden. Füllen sie bitte die Vorlage entsprechend aus und senden sie uns diese auf elektronischem Weg zu.

Wir stellen keine Verpackungsmaterialien zur Verfügung. Für die Proben empfehlen wir, einfache 1,5 ml Eppendorf-Röhrchen zu verwenden.

Die Lieferung an die GVG kann zu Händen von Frau Schmidt erfolgen (Tel. 0341- 392 859 21, GVG Genetic Monitoring GmbH, Deutscher Platz 5e, 04103 Leipzig). Für den Versand können Sie unser DHL-Konto (DHL Express #144005514) nutzen. Die Transportkosten stellen wir Ihnen in diesem Fall zusammen mit unserem Analyseservice in Rechnung. Rufen Sie einfach Ihren lokalen Vertreter vom DHL-Express an, um Ihre Proben abholen zu lassen.

Wir berechnen 150€ plus MWSt. für die vollständige genetische Analyse und die Erstellung eines „Genetic Passport“. Wir bieten darüber hinaus einen Rabatt von 10% an für Aufträge zur Genotypisierung von mehr als 10 Proben und besprechen gerne weitere Rabatte oder einen speziellen Kooperationspreis für größere Probenzahlen/ regelmäßige Tests.